二十世紀六十年代初,國家總理周恩來和外交部長陳毅決定創(chuàng)辦外國語學校。
1963年,上海、北京、天津、南京等八所外國語學校成立。江蘇省教育廳受教育部的委托,負責在南京籌辦南京外國語學校。
1990年,南京外國語學校被評為江蘇省重點中學。
1999年,南京外國語學校開始對本部和分部校園進行改造。
2002年,南京外國語學校首開中加班,這也是南京市第一個由公辦高中開設的國際班。
2006年,南京外國語學校通過劍橋大學國際考試委員會(CIE)的檢查和審批成為其國際考試中心(注冊號CN545),學校開設u201c劍橋國際高中課程實驗班u201d,引進劍橋高中課程(GCE A-Level)
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2007年,南京外國語學校開辦新南威爾士大學預科項目(中澳預科班);同年10月,該校體育館建成,并舉行落成典禮
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2003年,南京外國語學校創(chuàng)建仙林分校。
2009年,南京外國語學校本部和分部校園改造全面竣工。
2012年,南京外國語學校開辦河西分校以及南京市浦口外國語學校。