據(jù)2016年1月學校官網顯示，學校擁有國家級科研機構3個，省級重點實驗室1個，校級研究所11個。

國家級科研機構：國家水稻原原種繁育基地、國家農作物品種區(qū)域試驗站、中國綠色碳匯基金會碳匯研究院

省級重點實驗室：浙南作物育種重點實驗室

校級研究所：作物研究所、蔬菜科學研究所、生態(tài)環(huán)境研究所、生物工程研究所、食品科學研究所、園林花卉研究所、果樹研究所、溫州碳匯研究院、現(xiàn)代農業(yè)規(guī)劃研究所、數(shù)字化技術研究所、動物科學研究所

2008年至2015年6月，共立項省部級課題項目62項，其中國家級項目3項，外來科研到位經費6000多萬元，獲省科學技術獎二等獎2項、三等獎1項，通過國家審定新品種4個、浙江省審定18個。

2014年，在核心期刊上發(fā)表高等教育科研論文4篇，在全國高職高專院校中排第10位。

2015年9月，獲得1項2015年度國家自然科學基金項目立項。2015年12月，3個項目獲2015年溫州市科學技術獎。2015年12月，在浙江省高職黨建研究會2015年年會論文評選中2篇論文獲得二等獎、1篇論文獲得三等獎。

• 館藏資源

截至2015年9月，學校圖書館藏圖書54.8萬冊，電子圖書81.84萬種， 2014年報刊819種。各類數(shù)據(jù)庫11個，其中本地鏡像資源有萬方數(shù)據(jù)公司的中文期刊論文及碩博學位論文全文，書生之家電子圖書，超星匯雅電子書（密集書庫館藏），起點考試系統(tǒng)等；擁有清華同方的中國知網CNKI數(shù)據(jù)庫、中國知網農業(yè)知識倉庫、重慶維普公司的中文科技期刊論文數(shù)據(jù)庫、國務院發(fā)展研究中心信息網（國研網）、麥達博云隨書光盤管理系統(tǒng)，以及Springer Link 全文數(shù)據(jù)庫的遠程訪問權；加入浙江省高校數(shù)字圖書館（ZADL）的文獻傳遞系統(tǒng)，可以進行文獻館際互借服務。

• 學術期刊

《溫州科技職業(yè)學院學報》為季刊，是由溫州科技職業(yè)學院主辦的以農業(yè)科研為特色的綜合性內部學術期刊。主要欄目有農林探索、溫州論壇、院校建設、文化育人、課改實踐等。