昆明海關(guān)的前身為蒙自海關(guān)，于1889年成立。1910年滇越鐵路通車至云南府（昆明），蒙自海關(guān)在云南府設(shè)立分關(guān)。1932年1月1日，蒙自關(guān)稅務(wù)司移駐云南府分關(guān)辦公，蒙自關(guān)仍保留總關(guān)名義。1942年2月4日，蒙自、騰越兩關(guān)合并，成立昆明海關(guān)。
　　云南解放后，1951年，昆明海關(guān)、騰沖海關(guān)合并，仍稱昆明海關(guān)。1980年，昆明海關(guān)升格為局級關(guān)，直屬海關(guān)總署，實行垂直領(lǐng)導(dǎo)體制，改名為中華人民共和國昆明海關(guān)。目前總關(guān)內(nèi)設(shè)15個局、處（室）和機關(guān)服務(wù)中心及2個派駐機構(gòu)，并代管總署昆明教育培訓(xùn)基地和瑞麗緝毒犬基地。下屬海關(guān)機構(gòu)與云南的對外開放相適應(yīng)，共有21個隸屬海關(guān)和9個海關(guān)緝私分局，分別設(shè)在中緬、中老、中越4061公里的國境線上和部分內(nèi)陸開放地區(qū)。全關(guān)區(qū)共有干部職工1300余人，其中海關(guān)緝私干警250余名。
　　長期以來，昆明海關(guān)在云南省委、省政府的大力支持關(guān)心下，在海關(guān)總署的正確領(lǐng)導(dǎo)下，認真踐行“三個代表”重要思想，深入貫徹“依法行政、為國把關(guān)、服務(wù)經(jīng)濟、促進發(fā)展”海關(guān)工作16字方針，按照“政治堅強、業(yè)務(wù)過硬、值得信賴”海關(guān)隊伍建設(shè)12字要求，繼承和發(fā)揚昆明海關(guān)多年來形成的優(yōu)良傳統(tǒng)和成功經(jīng)驗，以實行海關(guān)關(guān)銜制度為契機，強化依法征管、科學(xué)征管的稅收工作意識，積極參與和推動云南省“大通關(guān)”建設(shè)，始終保持打擊走私違法活動的高壓態(tài)勢，不斷加強海關(guān)隊伍的正規(guī)化、現(xiàn)代化和準軍事化建設(shè)，努力把好祖國 “西南門戶”，積極為云南省經(jīng)濟建設(shè)和改革開放貢獻力量。