保密審查員對確定需要保密的專利申請案卷做出保密標記，建立保密案卷位置狀態(tài)卡，在計算機系統(tǒng)中做出處理，在對該專利申請作出解密決定之前，對其進行管理。
保密專利申請的初步審查和實質(zhì)審查均由國家知識產(chǎn)權(quán)局專利局指定的審查員進行。初步審查按照與一般發(fā)明專利申請相同的基準進行，初步審查合格的保密專利申請不予公布，已有實質(zhì)審查請求并繳納實質(zhì)審查費的，直接進入實質(zhì)審查程序。
實質(zhì)審查按照與一般發(fā)明專利申請相同的基準進行。經(jīng)實質(zhì)審查沒有發(fā)現(xiàn)駁回理由的，作出授予專利權(quán)通知，并由保密審查員通知申請人辦理專利權(quán)登記手續(xù)。
保密專利申請的授權(quán)公告僅公布專利分類號、專利號、專利申請日和授權(quán)公告日。