俄聯(lián)邦海關(guān)署成立于2004年3月，直屬于俄聯(lián)邦政府領(lǐng)導(dǎo)。署長和副署長由俄聯(lián)邦政府直接任免，各地區(qū)海關(guān)局局長、直屬海關(guān)關(guān)長及其他海關(guān)官員的任免按聯(lián)邦海關(guān)署署長確定程序辦理。

俄羅斯海關(guān)實行垂直管理體制，統(tǒng)一管理全國海關(guān)，在組織機構(gòu)上可分為四個層次：海關(guān)署、直屬地區(qū)海關(guān)局（直屬海關(guān)）、隸屬海關(guān)、海關(guān)監(jiān)管點。署機關(guān)內(nèi)設(shè)21個局（即組織監(jiān)督總局、信息技術(shù)總局、海關(guān)監(jiān)管總局、反走私總局、商品目錄和貿(mào)易管制總局、后勤保障總局、聯(lián)邦海關(guān)收入局、財經(jīng)總局、監(jiān)督審計局、外匯監(jiān)管局、條法局、行政事務(wù)局、干部局、社會聯(lián)系局、海關(guān)安全局、稽查局、海關(guān)合作局、海關(guān)統(tǒng)計分析局、調(diào)查局、強力保障局、法制局）；7個直屬地區(qū)海關(guān)局（分設(shè)在俄聯(lián)邦七大行政區(qū)中，即中央海關(guān)局、西北海關(guān)局、遠(yuǎn)東海關(guān)局、南方海關(guān)局、西伯利亞海關(guān)局、烏拉爾海關(guān)局、伏爾加河沿岸海關(guān)局），直屬海關(guān)5個（弗努科沃機場海關(guān)、達(dá)瑪捷多瓦機場海關(guān)、謝列梅捷沃機場海關(guān)、中央消費稅海關(guān)、中央能源海關(guān)），直屬專業(yè)化地區(qū)海關(guān)局4個；隸屬海關(guān)127個；海關(guān)監(jiān)管點709個、監(jiān)管口岸446個。此外，俄海關(guān)共有8個駐外代表處（駐白俄羅斯、烏克蘭、哈薩克、吉爾吉斯、芬蘭、德國、比利時和中國），海關(guān)學(xué)院1個、分院3個（擬增至6個）。世界海關(guān)組織歐亞經(jīng)濟共同體成員國教育培訓(xùn)中心設(shè)在俄海關(guān)學(xué)院，獨聯(lián)體地區(qū)信息情報聯(lián)絡(luò)中心設(shè)在莫斯科。

俄羅斯海關(guān)現(xiàn)有關(guān)員64000余人。其中，署機關(guān)人員為1882人，1/3關(guān)員帶有關(guān)銜，2/3關(guān)員不帶關(guān)銜，按國家公務(wù)員管理。俄羅斯聯(lián)邦海關(guān)署現(xiàn)有署長1人、副署長5人（6位副署長的編制）。現(xiàn)任署長為別利亞尼諾夫。

俄羅斯海關(guān)的基本職能是：監(jiān)管、征稅、絹私、統(tǒng)計和其它海關(guān)業(yè)務(wù)。

每年10月25日是俄羅斯海關(guān)日。