1543年葡萄牙人漂流至種子島。葡商船之前已經(jīng)到達(dá)琉球，琉球人得知葡船攻擊并占領(lǐng)馬六甲，因而拒絕與之交易。然而日本商人因明朝的海禁而無(wú)法直接與大陸通商，故而愿意與葡商船進(jìn)行貿(mào)易。從此葡商船開始由馬六甲來(lái)日本。1557年葡萄牙獲得澳門的使用權(quán)，以其為據(jù)點(diǎn)交易葡明日的三國(guó)的商品。葡王室也開始整頓與日本的貿(mào)易，以招標(biāo)形式向商人出售單獨(dú)與日本交易的權(quán)利。

葡萄牙船只最初在1550年來(lái)航松浦隆信領(lǐng)下的平戶。1557年開始，葡萄牙政府的官許船開始正式來(lái)航平戶。1561年在平戶港發(fā)生了葡萄牙船員被殺害的宮前事件，于是葡萄牙人另覓據(jù)點(diǎn)，將貿(mào)易據(jù)點(diǎn)先后遷往大村純忠領(lǐng)下的橫瀬浦（今西海市）、福田浦（今長(zhǎng)崎市福田本町）、口之津（今南島原市口之津町）等地。最終葡萄牙人選定長(zhǎng)崎作為貿(mào)易據(jù)點(diǎn)，于是大村純忠在1570年開放長(zhǎng)崎為對(duì)外貿(mào)易港。翌年，葡萄牙商船首次來(lái)航長(zhǎng)崎。此后，葡萄牙商船固定每年來(lái)航長(zhǎng)崎，長(zhǎng)崎作為葡萄牙的貿(mào)易港逐漸發(fā)展起來(lái)。

織田信長(zhǎng)與豐臣秀吉政權(quán)基本上對(duì)南蠻貿(mào)易取支持態(tài)度。西班牙繼葡萄牙之后也經(jīng)由美洲大陸開辟了太平洋的航路，以呂宋島馬尼拉為據(jù)點(diǎn)前來(lái)日本進(jìn)行貿(mào)易。德川家康對(duì)對(duì)西貿(mào)易持積極態(tài)度，曾在1610年派遣京都的商人田中勝介前往西班牙統(tǒng)治下的墨西哥。此外為了獨(dú)占與葡商交易生絲的利益，幕府于1604年建立了u201c絲割符制度u201d，只允許特定的商人集團(tuán)輸入和向國(guó)內(nèi)商人售賣生絲。家康當(dāng)政時(shí)取締基督教但允許貿(mào)易。

荷蘭人被日本人稱為u201c紅毛人u201d，與葡萄牙等南歐人被稱為u201c南蠻人u201d不同。1600年荷蘭人搭乘Liefde號(hào)意外漂流來(lái)到日本九州。1605年，兩名荷蘭人受德川家康委托前往北大年王國(guó)（在馬來(lái)半島東北部），邀請(qǐng)荷蘭人來(lái)日交易。因忙于應(yīng)付與葡萄牙在東南亞的對(duì)立，當(dāng)時(shí)的荷蘭商務(wù)據(jù)點(diǎn)的管理官并未接受。但1609年荷蘭人Jacques Specx率兩艘船到達(dá)平戶，并獲得德川家康的朱印狀許可進(jìn)行貿(mào)易。直到1641年平戶荷蘭商館遷移到出島為止的30年間，平戶一直作為日本最大的南蠻貿(mào)易港之一而繁榮著。荷蘭同時(shí)也參與海盜活動(dòng)與海戰(zhàn)，以削弱西葡在太平洋的勢(shì)力，并最終成為之后兩個(gè)世紀(jì)日本唯一許可作交易的歐洲國(guó)家。交易地點(diǎn)在長(zhǎng)崎出島。

后來(lái)為進(jìn)一步禁止基督教并防止西部的大名擴(kuò)張勢(shì)力，幕府開始限制與外國(guó)的貿(mào)易。交易地點(diǎn)被限制在平戶與長(zhǎng)崎。1624年西班牙商船被禁止來(lái)日，1639年葡萄牙船也被禁止。平戶的貿(mào)易被禁止，鎖國(guó)體制建立，南蠻貿(mào)易終結(jié)。