日本的植物種類(lèi)繁多。在日本本土生長(zhǎng)著約5560種植物（4720種被子植物，40種裸子植物，800種蕨類(lèi)植物）。約有1950種被子植物和裸子植物為日本本土原生植物，約占日本所有被子植物和裸子植物的35%。約有1600種被子植物和高裸子植物為日本當(dāng)?shù)氐脑参?。截止?011年11月，共有超過(guò)6萬(wàn)種生物在日本生息。但是，日本森林資源豐富，森林覆蓋率占日本陸地面積的69%，是世界上森林覆蓋率最高的國(guó)家之一。^[11]

漁業(yè)資源豐富北海道和日本海是世界著名的大漁場(chǎng)，盛產(chǎn)700多種魚(yú)類(lèi)。^[12]

日本自然資源貧乏，除煤炭、天然氣、硫磺等極少量礦產(chǎn)資源外，其他工業(yè)生產(chǎn)所需的主要原料、燃料等都要從海外進(jìn)口。^[11]