廣州保稅區(qū)管理機(jī)構(gòu)的設(shè)置包括三個(gè)主要層次：廣州保稅區(qū)領(lǐng)導(dǎo)小組、廣州保稅區(qū)管理委員會(huì)、海關(guān)等國(guó)家有關(guān)管理部門的派駐區(qū)內(nèi)機(jī)構(gòu)。

廣州保稅區(qū)領(lǐng)導(dǎo)小組：由市長(zhǎng)擔(dān)任組長(zhǎng)，副組長(zhǎng)由主管外經(jīng)工作的副市長(zhǎng)、市委領(lǐng)導(dǎo)及保稅區(qū)管委會(huì)領(lǐng)導(dǎo)擔(dān)任，成員由市政府外經(jīng)貿(mào)委、工商行政管理局、黃埔海關(guān)、廣州港務(wù)局主要領(lǐng)導(dǎo)組成。領(lǐng)導(dǎo)小組負(fù)責(zé)保稅區(qū)的領(lǐng)導(dǎo)工作，對(duì)保稅區(qū)的重大問題進(jìn)行決策，協(xié)調(diào)保稅區(qū)與市各有關(guān)管理部門的工作關(guān)系。

廣州保稅區(qū)管委會(huì)：根據(jù)《廣州保稅區(qū)管理辦法(試行)》規(guī)定，其性質(zhì)是廣州市人民政府的派出機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)統(tǒng)一管理保稅區(qū)的行政事務(wù)。其主要職責(zé)有：

1.制定和修改保稅區(qū)總體規(guī)劃，經(jīng)市政府批準(zhǔn)后組織實(shí)施；

2.制定和發(fā)布保稅區(qū)的各項(xiàng)管理實(shí)施細(xì)則；

3.按照規(guī)定的權(quán)限，審批保稅區(qū)的投資項(xiàng)目，審批保稅區(qū)各類企業(yè)與機(jī)構(gòu)的設(shè)立、合并和撤銷；

4.管理保稅區(qū)內(nèi)的基本建設(shè)、財(cái)政稅收、工商行政、勞動(dòng)人事、土地房產(chǎn)、交通運(yùn)輸、環(huán)境保護(hù)、消防治安、公用事業(yè)等行政工作；

5.管理、監(jiān)督保稅區(qū)的對(duì)外貿(mào)易和轉(zhuǎn)口貿(mào)易等經(jīng)濟(jì)活動(dòng)；

6.統(tǒng)一協(xié)調(diào)保稅區(qū)內(nèi)海關(guān)、工商、稅務(wù)、外匯管理等部門的工作；

7.管理保稅區(qū)內(nèi)公共事業(yè)和設(shè)施；

8.行使市政府授予的其他職權(quán)；

按照此職能規(guī)定和保稅區(qū)的實(shí)際發(fā)展需要，廣州保稅區(qū)管委會(huì)暫時(shí)設(shè)立四個(gè)職能部門：

經(jīng)濟(jì)發(fā)展局：主要行使計(jì)劃、統(tǒng)計(jì)、外經(jīng)、外貿(mào)、項(xiàng)目審批、進(jìn)出口物資審批、物價(jià)、企業(yè)管理、投資服務(wù)、組織招商等經(jīng)濟(jì)管理方面的職能。

公共事業(yè)局：主要行使土地房產(chǎn)管理、市政管理、基本建設(shè)管理、環(huán)境保護(hù)等社會(huì)事業(yè)的管理職能。

財(cái)稅局：主要行使保稅區(qū)財(cái)政預(yù)決算、資金管理、財(cái)務(wù)管理、稅務(wù)管理等方面的職能。

辦公室：主要行使管委會(huì)的秘書、公關(guān)、宣傳、監(jiān)察、審計(jì)、僑務(wù)、臺(tái)灣事務(wù)、社會(huì)文化管理、勞動(dòng)人事、工資、外事、保衛(wèi)、政策研究、法制、機(jī)關(guān)后勤服務(wù)、保稅區(qū)人員和車輛進(jìn)出監(jiān)管等方面的職能。

為強(qiáng)化服務(wù)職能，管委會(huì)下設(shè)若干事業(yè)性中介服務(wù)機(jī)構(gòu)，包括審計(jì)師事務(wù)所、會(huì)計(jì)師事務(wù)所、律師事務(wù)所、財(cái)稅咨詢事務(wù)所、人才交流服務(wù)中心、信息中心、發(fā)展研究中心等。

派駐機(jī)構(gòu)：鑒于保稅區(qū)屬海關(guān)監(jiān)管區(qū)的特點(diǎn)，保稅區(qū)內(nèi)派出機(jī)構(gòu)的設(shè)置以海關(guān)為主，擬設(shè)立廣州保稅區(qū)海關(guān)。其它派駐機(jī)構(gòu)依保稅區(qū)的發(fā)展實(shí)際需要設(shè)立。在發(fā)展初級(jí)階段，一些必要的部門如工商管理、派出所等部門可采取兩塊招牌， 一套人馬的方式與廣州開發(fā)區(qū)現(xiàn)有機(jī)構(gòu)合署辦公。