合肥海關(guān)于1989年5月建成開關(guān)，是海關(guān)總署垂直領(lǐng)導(dǎo)的正廳級(jí)單位。下轄蕪湖海關(guān)、安慶海關(guān)、馬鞍山海關(guān)、黃山海關(guān)、蚌埠海關(guān)、銅陵海關(guān)、阜陽海關(guān)、池州海關(guān)共8個(gè)隸屬海關(guān)。

合肥海關(guān)現(xiàn)內(nèi)設(shè)17個(gè)部門，其中副局級(jí)機(jī)構(gòu)1個(gè)，正處級(jí)機(jī)構(gòu)16個(gè)，分別為：辦公室、關(guān)稅處、監(jiān)管通關(guān)處、審單處、綜合統(tǒng)計(jì)處、稽查處、風(fēng)險(xiǎn)管理處、緝私局（副局級(jí)）、技術(shù)處、財(cái)務(wù)處、人事教育處、思想政治教育工作辦公室（機(jī)關(guān)黨委辦公室）、監(jiān)察審計(jì)室、現(xiàn)場(chǎng)業(yè)務(wù)處、駐駱崗機(jī)場(chǎng)辦事處、中國(guó)電子口岸數(shù)據(jù)中心合肥分中心、合肥海關(guān)機(jī)關(guān)服務(wù)中心。合肥海關(guān)共有關(guān)警員340余人，平均年齡35.5歲，其中95%為大專及以上學(xué)歷。

合肥海關(guān)遵照中央和總署的各項(xiàng)決定和指示，緊密結(jié)合關(guān)區(qū)工作和地方實(shí)際，與時(shí)俱進(jìn)，開拓創(chuàng)新，以加入長(zhǎng)三角區(qū)域通關(guān)改革的實(shí)際行動(dòng)表達(dá)對(duì)地方的支持，同時(shí)推出支持安徽奮力崛起的實(shí)施意見和重點(diǎn)業(yè)務(wù)改革舉措。牟新生署長(zhǎng)視察我關(guān)時(shí)題詞“服務(wù)經(jīng)濟(jì)，促進(jìn)崛起”。

合肥海關(guān)將以改革、創(chuàng)新、發(fā)展為工作的主線，不斷深化“特色海關(guān)”建設(shè)，更新服務(wù)理念，創(chuàng)新服務(wù)手段，提高服務(wù)水平，在辦精品業(yè)務(wù)，創(chuàng)金牌服務(wù)和建人文環(huán)境方面積極努力，充分發(fā)揮海關(guān)各項(xiàng)職能，為促進(jìn)地方經(jīng)濟(jì)發(fā)展作出應(yīng)有的貢獻(xiàn)。