SPS協(xié)議強調(diào)，檢疫的保護水平應是恰當?shù)模⑼ㄟ^風險評估來確定。要求各締約方所采取的檢疫措施應建立在風險評估基礎上，應考慮到對動植物生命或健康的風險性，對環(huán)境的針對性，也可參考有關(guān)國際組織新開發(fā)的風險評估技術(shù)。
　　在風險評估中，要獲得生物學方面的科學依據(jù)，如：某些病蟲害流行，病蟲害非疫區(qū)的存在，有關(guān)的生態(tài)和環(huán)境條件；還包括有關(guān)檢驗、抽樣和測試方法，以及檢疫或其他處理方法。
　　在風險評估中，可考慮的經(jīng)濟因素：由于病蟲害的傳入、定居或傳播，對生產(chǎn)或銷售造成損失的潛在損害；在進口成員國領(lǐng)土上控制或根除病蟲害的成本；以及采用其他方法來控制風險的有關(guān)實際開支。
　　SPS措施強調(diào)，如一成員的檢疫措施的科學依據(jù)不足，這些檢疫措施只能是暫時的，應收集更準確的資料作PRA。