（一）外部流程時(shí)限
　　1．報(bào)檢時(shí)限
　　入境貨物應(yīng)在貨物入境前或入境時(shí)由貨主或代理人接運(yùn)單位憑有關(guān)單證向到貨口岸、指定的或到達(dá)站的檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)輸報(bào)檢手續(xù)；入境的運(yùn)輸工具或人員應(yīng)由船方代理、鐵路局（站）、航空公司等在入境前或入境時(shí)報(bào)檢。
　　入境貨物以及需對(duì)外出證的貨物收用貨部門或代理部門于貨物報(bào)檢后通關(guān)后應(yīng)索賠有效期前不少于20天內(nèi)向口岸或貨物目的地的檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)報(bào)檢，申請(qǐng)檢驗(yàn)檢疫。
　　輸入種畜、禽及其精液、胚胎的，應(yīng)當(dāng)在進(jìn)境前30天報(bào)檢。
　　輸入其他動(dòng)物的，應(yīng)當(dāng)在進(jìn)境前15天報(bào)檢。
　　輸入植物、種子、種苗及其他繁殖材料的，應(yīng)當(dāng)在入境前7天報(bào)檢。
　　出境貨物最遲應(yīng)于報(bào)關(guān)或裝運(yùn)前十天報(bào)檢，對(duì)于個(gè)別檢測(cè)周期較長(zhǎng)的貨物，應(yīng)留有相應(yīng)的實(shí)驗(yàn)室工作時(shí)間。報(bào)檢30天后仍未辦理檢驗(yàn)檢疫事宜的，做自動(dòng)撤消報(bào)檢處理。
　　出境的運(yùn)輸工具和人員應(yīng)在出境前報(bào)檢。
　　出境動(dòng)物在出境前60天預(yù)報(bào)，隔離前7天報(bào)檢。
　　2．交費(fèi)的時(shí)限
　　出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)依法對(duì)出入境人員及應(yīng)檢物實(shí)施檢驗(yàn)檢疫、監(jiān)督查驗(yàn)、檢疫處理等，按規(guī)定計(jì)收的檢驗(yàn)檢疫費(fèi)，報(bào)檢人應(yīng)在報(bào)檢時(shí)交納。
　　3．通關(guān)的時(shí)限
　　出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)簽發(fā)《通關(guān)單》后出境貨物的通關(guān)出運(yùn)時(shí)限一般貨物為60天；植物和植物產(chǎn)品為21天；鮮活類貨物為14天或特殊規(guī)定的時(shí)限。入境貨物的通關(guān)時(shí)限不超過7天；通關(guān)后一周內(nèi)，應(yīng)到有關(guān)檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)聯(lián)系檢驗(yàn)檢疫事宜。逾期的應(yīng)重新辦理報(bào)檢手續(xù)。
　　（二）內(nèi)部流程時(shí)限
　　內(nèi)部流程時(shí)限是指出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)從辦理報(bào)檢到簽證、放行等工作環(huán)節(jié)之間的時(shí)限。內(nèi)部流程時(shí)限主要有以下幾種：
　　1．施檢周期是指施檢部門從抽樣起計(jì)算，到檢驗(yàn)檢疫或檢驗(yàn)檢疫處理事項(xiàng)完成并出具檢驗(yàn)檢疫報(bào)告（擬稿）止。該周期是檢驗(yàn)檢疫流程時(shí)限的核心。檢驗(yàn)檢疫周期因檢驗(yàn)檢疫對(duì)象和輸出/輸入國(guó)家或地區(qū)的差異而不同。
　　2．簽證周期是指施檢部門從檢驗(yàn)檢疫報(bào)告（擬稿）完成后，經(jīng)檢務(wù)部門的審稿、制證、復(fù)核到簽署檢驗(yàn)檢疫證單的時(shí)間。
　　3．發(fā)證與領(lǐng)證周期主要是指報(bào)檢領(lǐng)證的時(shí)間。檢務(wù)部門簽證與計(jì)收費(fèi)完畢后，其內(nèi)部流程已基本完成，有待報(bào)檢人領(lǐng)取證單。報(bào)檢人何時(shí)領(lǐng)證，由報(bào)檢人自由處理。這是一個(gè)內(nèi)部流程與外部流程相互結(jié)合的特定流程。
　　4．檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)內(nèi)部業(yè)務(wù)周轉(zhuǎn)周期是指檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)對(duì)內(nèi)部各部門和崗位之間一個(gè)流程的最先環(huán)節(jié)與下一個(gè)流程環(huán)節(jié)開始之間證單和業(yè)務(wù)周轉(zhuǎn)的時(shí)間要求。該周期要求上下工序迅速銜接、速遞，是檢驗(yàn)檢疫整體工作的體現(xiàn)。