WTO 此機(jī)構(gòu)的目標(biāo)原是為了監(jiān)督新的全球秩序，確保其合法；然而 WTO 沒(méi)有任何類似民主機(jī)構(gòu)的特征：WTO 秘密運(yùn)作，沒(méi)有義務(wù)向成員國(guó)或他者解釋其行動(dòng)；WTO 的國(guó)家代表多是貿(mào)易律師，往往會(huì)因?yàn)槠髽I(yè)需要而為之打通關(guān)，而該組織也秉持對(duì)市場(chǎng)的信仰，往往向企業(yè)利益傾斜，常讓地方環(huán)境法與勞工法受挫、無(wú)以伸張。

不公平的決策

一些國(guó)家對(duì)于在 WTO 框架下的不公機(jī)制表示不滿，如在數(shù)國(guó)組成的小團(tuán)體內(nèi)討論而達(dá)到協(xié)議，往往壓縮其他比較u201c不重要u201d的國(guó)家的權(quán)益等等，而在此體制下，大部分發(fā)展中國(guó)家也較沒(méi)有足夠力量反對(duì)一些決議。

密室會(huì)議

WTO 最為人詬病之一，即為其不透明的所謂u201c密室會(huì)議u201d、u201c綠室會(huì)議u201d或u201c小型部長(zhǎng)會(huì)議u201d(Green Room)。其原文出自起初GATT烏拉圭回合(Uruguay Round) 中，少數(shù)會(huì)員代表于綠色房間內(nèi)所作出的決議，另一說(shuō)則為日內(nèi)瓦WTO秘書長(zhǎng)的辦公室顏色。在u201c密室會(huì)議u201d中，部分對(duì)于會(huì)議主題有利益關(guān)系的少數(shù)國(guó)家事先就議題做出一致的方案，之后在此決議公布于所有會(huì)員國(guó)前決議。此種決議方式在后來(lái)于1999年西雅圖、2001年杜哈及2003年坎昆部長(zhǎng)會(huì)議均被采用，甚至成為許多決議失敗的原因，因?yàn)榉侵藁蚱渌苓厙?guó)家在整個(gè)會(huì)議討論中，均被排除在u201c密室會(huì)議u201d之外，故拒絕承認(rèn)最后的決議。此種決策過(guò)程在1990年代常被提出，常為開發(fā)中國(guó)家或非政府組織對(duì)于 WTO 決策不透明的批判焦點(diǎn)。

過(guò)去數(shù)十年中有許多方案嘗試解決u201c密室會(huì)議u201d的問(wèn)題，如由數(shù)個(gè)永久核心會(huì)員國(guó)及由其他成員國(guó)以輪值的方式所組成的執(zhí)行委員會(huì)，以管理 WTO 里的議程，其中的核心會(huì)員國(guó)可由各國(guó)在世界經(jīng)濟(jì)體的影響力或其他準(zhǔn)則來(lái)決定。然至今這方面仍未有明顯的進(jìn)展。許多決策者認(rèn)為，使 WTO 的會(huì)議更為透明無(wú)疑是有必要且可取的，但同時(shí)也有人認(rèn)為u201c密室會(huì)議u201d這樣的討論過(guò)程在如此一個(gè)日益龐大的組織是無(wú)可避免的。

除上述以外，包含了 WTO 中最重要的關(guān)稅限制及其他由所有會(huì)員國(guó)決議的資料庫(kù)無(wú)法自由地取得，也常是多方批評(píng)的一項(xiàng)。