出口加工區(qū)的監(jiān)管模式與傳統(tǒng)的監(jiān)管模式相比具有較大的優(yōu)越性，主要有以下幾個特征：１、監(jiān)管手段上，強化現代通信技術和計算機網絡技術的應用，使用電子數據傳輸銜接海關之間監(jiān)管，逐步取代傳統(tǒng)的監(jiān)管模式；２、區(qū)域監(jiān)管上，強化對區(qū)域的整體監(jiān)管，簡化對逐個企業(yè)的管理；３、加工貿易業(yè)務監(jiān)管上，強化對企業(yè)開展的加工貿易業(yè)務的整體管理，簡化對逐個合同的管理；４、貨物通關監(jiān)管上，強化對進、出區(qū)貨物在進出出口加工區(qū)卡口時的實際監(jiān)管，簡化辦理通關的手續(xù)，逐步滿足現代跨國型企業(yè)，零庫存生產的需要。
具體監(jiān)管模式是：
一、海關對出口加工區(qū)加工貿易的監(jiān)管模式
（一）合同審批
出口加工區(qū)內新開展加工貿易項目企業(yè)的審批，由出口加工區(qū)管委會負責，在首次開展加工貿易業(yè)務時，確定其經營范圍、加工能力等情況，以后企業(yè)如在規(guī)定的范圍內進出貨物，不必向管委會報批，如需更改經營范圍、擴大加工能力，則需作變更審批。
（二）合同備案
區(qū)內企業(yè)在其貨物進出區(qū)之前，需先將合同（訂單）通過EDI方式，向主管海關申請備案，海關對企業(yè)發(fā)送的備案數據經審核后，自動存入電子帳冊作為底帳數據［備案數據包括進口料件、出口成品的品名、規(guī)格、計量單位、產銷地及單（損）耗比例關系等內容］。
（三）貨物進、出（口）
區(qū)內企業(yè)進、出區(qū)貨物的通關，由區(qū)內企業(yè)或受其委托的專業(yè)報關企業(yè)直接向出口加工區(qū)主管海關申報，海關按現行的報關作業(yè)程序進行審單后，在卡口辦理貨物查驗、放行手續(xù)，并以查驗、放行環(huán)節(jié)獲取的數據建立企業(yè)底帳，作為監(jiān)管、核銷的依據。對區(qū)內企業(yè)與境外之間進、出境的貨物采取“備案制”管理，由區(qū)內企業(yè)填寫“中華人民共和國海關出口加工區(qū)進（出）境貨物備案清單”；對區(qū)內企業(yè)與國內區(qū)外之間進出的貨物，采取“報關制”管理，由區(qū)外企業(yè)填寫“中華人民共和國海關進（出）口貨物報關單”、區(qū)內企業(yè)填寫“中華人民共和國海關出口加工區(qū)進（出）境貨物備案清單”，在出口加工區(qū)主管海關辦理報關手續(xù)。
（四）后續(xù)核銷
企業(yè)每半年向海關報核一次，報核內容包括原材料的耗用量、產成品的出口量和對應的單（損）耗關系、殘次品、廢料和庫存情況等。海關核銷中調閱有關的備案底帳，將企業(yè)報送的原材料耗用情況、產成品出口情況與海關電子底帳的有關數據進行計算機自動核扣。海關在核銷結案前，須調閱企業(yè)的備案申報數據進行核對，發(fā)現明顯異常的應及時開展稽查。
（五）海關與企業(yè)計算聯網
由出口加工區(qū)海關提供統(tǒng)一數據庫平臺，要求企業(yè)按海關要求報送數據。
　　二、海關對出口加工區(qū)進、出口貨物的監(jiān)管模式
承運進、出出口加工區(qū)貨物的承運人及運輸工具必須在海關辦理登記備案手續(xù)。
進境轉關貨物經進境地海關轉關至出口加工區(qū)后，出口加工區(qū)海關根據貨物收、發(fā)貨人或其代理人申報（遞交）的“中華人民共和國海關出口加工區(qū)進境貨物備案清單”，辦理接單、查驗放行海關通關手續(xù)后，進入出口加工區(qū)。
出境轉關貨物由貨物、收發(fā)貨人或其代理人向加工區(qū)海關申報（遞交）“中華人民共和國海關出口加工區(qū)出境貨物備案清單”。出口加工區(qū)海關辦理接單、查驗放行海關通關手續(xù)后，將“中華人民共和國海關出口加工區(qū)出境貨物備案清單”電子數據傳輸到出境地海關。貨物運至出境口岸后，承運人向出境地海關申報，出境地海關辦理相關手續(xù)后，貨物實際出境，并核銷艙單后，將數據傳輸反饋到加工區(qū)海關。
三、海關對出口加工區(qū)卡口的監(jiān)管模式
（一）出口加工區(qū)安裝閉路電視監(jiān)控系統(tǒng)，對加工區(qū)圍網設施、出口加工區(qū)的貨物進／出卡口和人員進／出卡口進行監(jiān)控。
（二）出口加工區(qū)海關，對進、出加工區(qū)的貨物及區(qū)內相關場所實行24小時監(jiān)管。