日本海關(guān)總部為“日本海關(guān)及關(guān)稅局”，隸屬于財政部。海關(guān)法（CUSTOMS LAW）、海關(guān)關(guān)稅法（CUSTOMS TARIFF LAW）及臨時關(guān)稅法（TEMPORARY TARIFF LAW）是日本海關(guān)關(guān)稅政策與行政管理的基本法律條文。

日本海關(guān)及關(guān)稅局設(shè)1名局長，兩名副局長。下設(shè)六個處（協(xié)調(diào)處、人教處、關(guān)政政策與法律處、執(zhí)法處、海關(guān)通關(guān)處以及事后稽查、調(diào)查與情報處）、四個辦公室（信息管理辦公室、地方海關(guān)監(jiān)察辦公室、海關(guān)管理研究辦公室、經(jīng)濟伙伴關(guān)系辦公室）和兩名顧問（國際組織顧問、國際事務(wù)與研究顧問）。各處處長、各辦公室主任和兩名顧問分管與海關(guān)行政管理和關(guān)稅政策有關(guān)的所有事務(wù)。截至2008財年，海關(guān)及關(guān)稅局共有176名人員（此處系指總部人員）。

海關(guān)及關(guān)稅局有三大職能：

（1）征收進口關(guān)稅、消費稅和進口貨物應(yīng)納的其他國內(nèi)稅（每年征稅約5萬日元，占日本年度稅收的10%）；

（2）對貨物流動進行監(jiān)管，防止有害物品走私進入日本（如麻醉品、火器和其他違禁品）；

（3）促進貿(mào)易便利，協(xié)調(diào)國際貿(mào)易手續(xù)，促進世界經(jīng)濟增長和人民生活水平的提高。

海關(guān)及關(guān)稅局的主要職責為：

（1）對關(guān)稅、噸位稅、特別噸位稅以及其它海關(guān)管理事項進行調(diào)研、規(guī)劃（包括與外國談簽關(guān)稅協(xié)定）；

（2）決定并征收關(guān)稅、噸位稅、特別噸位稅和國際貨物消費稅；

（3）依照海關(guān)法及其它有關(guān)法律條文對進出口貨物、船只、飛行器及旅客進行監(jiān)管控制；

（4）保稅區(qū)監(jiān)管；

（5）向報關(guān)行和報關(guān)員發(fā)放報關(guān)許可,并對其進行監(jiān)督管理；

（6）對日本自動化貨物報關(guān)系統(tǒng)中心進行管理；

（7）編制海關(guān)統(tǒng)計數(shù)據(jù)；

（8）對海關(guān)關(guān)員進行教育培訓；

（9）為“海關(guān)、關(guān)稅、外匯與其它交易理事會”提供支持。日本通過關(guān)區(qū)海關(guān)管理各地區(qū)海關(guān)務(wù)，關(guān)區(qū)海關(guān)受海關(guān)關(guān)稅局直接監(jiān)管控制。

日本全國劃分為東京、橫濱、神戶、大阪、名古屋、門司、長崎、函館、沖繩九個關(guān)區(qū)（AREA），總?cè)藬?shù)8620人（截至2008財年）。各關(guān)區(qū)總部為總關(guān)（CUSTOM HOUSE），下轄若干分關(guān)（BRANCH OFFICE）及防衛(wèi)站（GUARD POST）。總部長官將大部分職權(quán)授予分關(guān)主管處理地區(qū)事務(wù)。除沖繩關(guān)區(qū)外，各總關(guān)下設(shè)四個處，即協(xié)調(diào)處、執(zhí)法處、通關(guān)處、事后稽查、調(diào)查與情報處。截至2008年7月，全國有68個分關(guān)，117個支關(guān)（SUB-BRANCH）以及9個防衛(wèi)站。